2003年，重新發(fā)布《集體商標(biāo)、證明商標(biāo)注冊和管理辦法》，地理標(biāo)志明確納入商標(biāo)法律體系保護。辦法第七條規(guī)定，以地理標(biāo)志作為集體商標(biāo)、證明商標(biāo)注冊的，應(yīng)當(dāng)在申請書件中說明三方面內(nèi)容：該地理標(biāo)志所標(biāo)示的商品的特定質(zhì)量、信譽或者其他特征；該商品的特定質(zhì)量、信譽或者其他特征與該地理標(biāo)志所標(biāo)示的地區(qū)的自然因素和人文因素的關(guān)系；該地理標(biāo)志所標(biāo)示的地區(qū)的范圍。辦法第八條規(guī)定，作為集體商標(biāo)、證明商標(biāo)申請注冊的地理標(biāo)志，可以是該地理標(biāo)志標(biāo)示地區(qū)的名稱，也可以是能夠標(biāo)示某商品來源于該地區(qū)的其他可視性標(biāo)志。

　　辦法規(guī)定，地理標(biāo)志(GI)的注冊申請人，可以是社團法人，也可以是取得事業(yè)法人證書或營業(yè)執(zhí)照的科研和技術(shù)推廣機構(gòu)、質(zhì)量檢測機構(gòu)或者產(chǎn)銷服務(wù)機構(gòu)等。要求申請者對地理標(biāo)志產(chǎn)品的特定品質(zhì)受特定地域環(huán)境或人文因素決定進行說明，并規(guī)定“申請以地理標(biāo)志作為集體商標(biāo)注冊的團體、協(xié)會或者其他組織，應(yīng)當(dāng)由來自該地理標(biāo)志標(biāo)示的地區(qū)范圍內(nèi)的成員組成”、“申請證明商標(biāo)注冊的，應(yīng)當(dāng)附送主體資格證明文件并應(yīng)當(dāng)詳細說明其所具有的或者其委托的機構(gòu)具有的專業(yè)技術(shù)人員、專業(yè)檢測設(shè)備等情況，以表明其具有監(jiān)督該證明商標(biāo)所證明的特定商品品質(zhì)的能力”（第四、五條），辦法同時規(guī)定，“前款所稱地區(qū)無需與該地區(qū)的線性行政區(qū)劃名稱、范圍完全一致”、“集體商標(biāo)不得許可非集體成員使用”（第十七條） 、“證明商標(biāo)的注冊人不得在自己提供的商品上使用該證明商標(biāo)?！保ǖ诙畻l）

　　2004年，國家工商行政管理局協(xié)同農(nóng)業(yè)部共同發(fā)布《關(guān)于加強農(nóng)產(chǎn)品地理標(biāo)志保護與商標(biāo)注冊工作的通知》，指出“地理標(biāo)志和商標(biāo)是知識產(chǎn)權(quán)法律制度的重要內(nèi)容。地理標(biāo)志是標(biāo)示某商品來源于某地區(qū)、并且該商標(biāo)的特定質(zhì)量、信譽或者其他特征主要由該地區(qū)的自然因素或者人文因素所決定的標(biāo)志。我國是通過商標(biāo)法律以注冊證明商標(biāo)或集體商標(biāo)的方式來保護地理標(biāo)志的，這也是國際上保護地理標(biāo)志的一種主要方式。對特色農(nóng)產(chǎn)品實施地理標(biāo)志保護，是國際通行的做法”，并提出了兩部委的協(xié)同關(guān)系。

　　2007年1月30日，國家工商總局商標(biāo)局開始施行專用標(biāo)志管理，其《地理標(biāo)志產(chǎn)品專用標(biāo)志管理辦法》規(guī)定，專用標(biāo)志的基本圖案由中華人民共和國國家工商行政管理總局商標(biāo)局中英文字樣、中國地理標(biāo)志字樣、GI的變形字體、小麥和天壇圖形構(gòu)成，綠色（C:70 M:0 Y:100 K:15; C:100 M:0 Y:100 K:75）和黃色(C:0 M:20 Y:100 K:0)為專用標(biāo)志的基本組成色、專用標(biāo)志與地理標(biāo)志必須同時使用。