機構改革迫使原來三部委各自為政的地理標志產品保護模式在機構設置方面得到整合與修正。但整合后的“中華人民共和國國家工商行政管理總局商標局中國地理標志GI”（原國家工商總局的）與“中華人民共和國地理標志保護產品”（PGI,原質監(jiān)總局的）兩者之間如何整合，至今尚未拿出整合方案；“中華人民共和國農業(yè)部農產品地理標志”(AGI,原農業(yè)部)保護模式也依然延續(xù)。我國地理標志產品保護的“商標法”與“部門規(guī)章”同在的模式依然存在。如何協調三者之間的關系，形成我國新的地理標志產品保護制度與保護模式？各相關機構正在緊鑼密鼓的探索之中。

（二）“部門規(guī)章-商標法”協同模式重新被提議

　　如前文所述，2004年，國家工商行政管理局協同農業(yè)部共同發(fā)布相關通知，提出兩部委如何協同工作的具體舉措，提出“各級農業(yè)主管部門負責地理標志保護地域的確認、地理標志農產品標準和技術規(guī)范的制定和標準、生產基地和市場流通中的地理標志農產品的檢驗檢測等技術鑒定和質量監(jiān)督工作；各級工商行政管理機關則堅決查處各種違法行為；對申請注冊證明商標或集體商標的農產品地理標志，國家工商總局商標局在審查之前，要征求農業(yè)部所屬的地理標志技術審查機構的意見，并由農業(yè)部出具書面意見?！钡缺Ｗo工作步驟。但在后來的具體工作中，農業(yè)部的“部門規(guī)章”體系與工商總局的“商標法”體系基本上各自為政，各自發(fā)展。目前，AGI與GI、PGI三套不同的保護制度與保護體系如何整合協同，成為難題。

　　充分認識農產品地理標志的知識產權屬性及局限性，理解“部門規(guī)章”與“商標法”兩種不同的保護制度與保護模式的不同，實現“部門規(guī)章”與“商標法”的有效協同，將基于“部門規(guī)章”的AGI作為地理標志證明商標、地理標志集體商標的前提條件，兩者前后銜接，分類工作，協同發(fā)展的觀點，被重新提議。

（三）“部門規(guī)章-商標法”協同基礎上的品牌化趨勢

　　2004年的通知曾提出“通過注冊農產品商標和地理標志，實施品牌化管理戰(zhàn)略，有利于培育地方主導產業(yè)，形成地域品牌”、“尤其要加大對農產品地理標志注冊工作的指導”等內容，之后的十多年時間里，如何通過地理標志保護、商標注冊等，建設地理標志品牌、地域品牌、商標品牌，越來越成為有關文件的相關內容，近三年更甚。

　　2017年，中央1號文件以“深入推進農業(yè)供給側結構性改革、培育農業(yè)農村發(fā)展新動能”為主題，提出“建設一批地理標志農產品和原產地保護基地、推進區(qū)域農產品品牌建設，支持地方以優(yōu)勢企業(yè)和行業(yè)協會為依托打造區(qū)域特色品牌，引入現代要素改造提升傳統(tǒng)名優(yōu)品牌”的具體舉措；