2003年，重新發(fā)布《集體商標、證明商標注冊和管理辦法》，地理標志明確納入商標法律體系保護。辦法第七條規(guī)定，以地理標志作為集體商標、證明商標注冊的，應當在申請書件中說明三方面內容：該地理標志所標示的商品的特定質量、信譽或者其他特征；該商品的特定質量、信譽或者其他特征與該地理標志所標示的地區(qū)的自然因素和人文因素的關系；該地理標志所標示的地區(qū)的范圍。辦法第八條規(guī)定，作為集體商標、證明商標申請注冊的地理標志，可以是該地理標志標示地區(qū)的名稱，也可以是能夠標示某商品來源于該地區(qū)的其他可視性標志。

　　辦法規(guī)定，地理標志(GI)的注冊申請人，可以是社團法人，也可以是取得事業(yè)法人證書或營業(yè)執(zhí)照的科研和技術推廣機構、質量檢測機構或者產銷服務機構等。要求申請者對地理標志產品的特定品質受特定地域環(huán)境或人文因素決定進行說明，并規(guī)定“申請以地理標志作為集體商標注冊的團體、協(xié)會或者其他組織，應當由來自該地理標志標示的地區(qū)范圍內的成員組成”、“申請證明商標注冊的，應當附送主體資格證明文件并應當詳細說明其所具有的或者其委托的機構具有的專業(yè)技術人員、專業(yè)檢測設備等情況，以表明其具有監(jiān)督該證明商標所證明的特定商品品質的能力”（第四、五條），辦法同時規(guī)定，“前款所稱地區(qū)無需與該地區(qū)的線性行政區(qū)劃名稱、范圍完全一致”、“集體商標不得許可非集體成員使用”（第十七條） 、“證明商標的注冊人不得在自己提供的商品上使用該證明商標。”（第二十條）

　　2004年，國家工商行政管理局協(xié)同農業(yè)部共同發(fā)布《關于加強農產品地理標志保護與商標注冊工作的通知》，指出“地理標志和商標是知識產權法律制度的重要內容。地理標志是標示某商品來源于某地區(qū)、并且該商標的特定質量、信譽或者其他特征主要由該地區(qū)的自然因素或者人文因素所決定的標志。我國是通過商標法律以注冊證明商標或集體商標的方式來保護地理標志的，這也是國際上保護地理標志的一種主要方式。對特色農產品實施地理標志保護，是國際通行的做法”，并提出了兩部委的協(xié)同關系。

　　2007年1月30日，國家工商總局商標局開始施行專用標志管理，其《地理標志產品專用標志管理辦法》規(guī)定，專用標志的基本圖案由中華人民共和國國家工商行政管理總局商標局中英文字樣、中國地理標志字樣、GI的變形字體、小麥和天壇圖形構成，綠色（C:70 M:0 Y:100 K:15; C:100 M:0 Y:100 K:75）和黃色(C:0 M:20 Y:100 K:0)為專用標志的基本組成色、專用標志與地理標志必須同時使用。