機構(gòu)改革迫使原來三部委各自為政的地理標(biāo)志產(chǎn)品保護模式在機構(gòu)設(shè)置方面得到整合與修正。但整合后的“中華人民共和國國家工商行政管理總局商標(biāo)局中國地理標(biāo)志GI”（原國家工商總局的）與“中華人民共和國地理標(biāo)志保護產(chǎn)品”（PGI,原質(zhì)監(jiān)總局的）兩者之間如何整合，至今尚未拿出整合方案；“中華人民共和國農(nóng)業(yè)部農(nóng)產(chǎn)品地理標(biāo)志”(AGI,原農(nóng)業(yè)部)保護模式也依然延續(xù)。我國地理標(biāo)志產(chǎn)品保護的“商標(biāo)法”與“部門規(guī)章”同在的模式依然存在。如何協(xié)調(diào)三者之間的關(guān)系，形成我國新的地理標(biāo)志產(chǎn)品保護制度與保護模式？各相關(guān)機構(gòu)正在緊鑼密鼓的探索之中。

（二）“部門規(guī)章-商標(biāo)法”協(xié)同模式重新被提議

　　如前文所述，2004年，國家工商行政管理局協(xié)同農(nóng)業(yè)部共同發(fā)布相關(guān)通知，提出兩部委如何協(xié)同工作的具體舉措，提出“各級農(nóng)業(yè)主管部門負(fù)責(zé)地理標(biāo)志保護地域的確認(rèn)、地理標(biāo)志農(nóng)產(chǎn)品標(biāo)準(zhǔn)和技術(shù)規(guī)范的制定和標(biāo)準(zhǔn)、生產(chǎn)基地和市場流通中的地理標(biāo)志農(nóng)產(chǎn)品的檢驗檢測等技術(shù)鑒定和質(zhì)量監(jiān)督工作；各級工商行政管理機關(guān)則堅決查處各種違法行為；對申請注冊證明商標(biāo)或集體商標(biāo)的農(nóng)產(chǎn)品地理標(biāo)志，國家工商總局商標(biāo)局在審查之前，要征求農(nóng)業(yè)部所屬的地理標(biāo)志技術(shù)審查機構(gòu)的意見，并由農(nóng)業(yè)部出具書面意見。”等保護工作步驟。但在后來的具體工作中，農(nóng)業(yè)部的“部門規(guī)章”體系與工商總局的“商標(biāo)法”體系基本上各自為政，各自發(fā)展。目前，AGI與GI、PGI三套不同的保護制度與保護體系如何整合協(xié)同，成為難題。

　　充分認(rèn)識農(nóng)產(chǎn)品地理標(biāo)志的知識產(chǎn)權(quán)屬性及局限性，理解“部門規(guī)章”與“商標(biāo)法”兩種不同的保護制度與保護模式的不同，實現(xiàn)“部門規(guī)章”與“商標(biāo)法”的有效協(xié)同，將基于“部門規(guī)章”的AGI作為地理標(biāo)志證明商標(biāo)、地理標(biāo)志集體商標(biāo)的前提條件，兩者前后銜接，分類工作，協(xié)同發(fā)展的觀點，被重新提議。

（三）“部門規(guī)章-商標(biāo)法”協(xié)同基礎(chǔ)上的品牌化趨勢

　　2004年的通知曾提出“通過注冊農(nóng)產(chǎn)品商標(biāo)和地理標(biāo)志，實施品牌化管理戰(zhàn)略，有利于培育地方主導(dǎo)產(chǎn)業(yè)，形成地域品牌”、“尤其要加大對農(nóng)產(chǎn)品地理標(biāo)志注冊工作的指導(dǎo)”等內(nèi)容，之后的十多年時間里，如何通過地理標(biāo)志保護、商標(biāo)注冊等，建設(shè)地理標(biāo)志品牌、地域品牌、商標(biāo)品牌，越來越成為有關(guān)文件的相關(guān)內(nèi)容，近三年更甚。

　　2017年，中央1號文件以“深入推進農(nóng)業(yè)供給側(cè)結(jié)構(gòu)性改革、培育農(nóng)業(yè)農(nóng)村發(fā)展新動能”為主題，提出“建設(shè)一批地理標(biāo)志農(nóng)產(chǎn)品和原產(chǎn)地保護基地、推進區(qū)域農(nóng)產(chǎn)品品牌建設(shè)，支持地方以優(yōu)勢企業(yè)和行業(yè)協(xié)會為依托打造區(qū)域特色品牌，引入現(xiàn)代要素改造提升傳統(tǒng)名優(yōu)品牌”的具體舉措；